L’Estany se sitúa en un entorno privilegiado que ha facilitado el hábitat humano desde la prehistoria. Los últimos hallazgos han permitido documentar también la presencia del mundo ibero y romano en el municipio. La iglesia prerrománica, documentada hacia el año 990, indica la existencia de una población estable, organizada posiblemente en asentamientos diseminados y masías.
Las primeras casas del pueblo se construyeron a partir del siglo XIII al abrigo del poder económico y espiritual del monasterio, fundado en 1080. Se situaron inicialmente alrededor de la actual plaza del Monasterio y sobre las calles Mayor y Rodors. A partir del siglo XV el pueblo se expandió, se densificaron las calles Mayor y Rodors, y se amplió por encima de la calle dels Monjos en dirección al Coll de la Crosa.
En época moderna muchas familias se dedicaban fundamentalmente a las tareas agrícolas y a la cría de ganado. También había una notable actividad preindustrial relacionada con la obtención de madera, leña y carbón. A partir del siglo XIX la actividad textil adquirió un protagonismo creciente con la implantación de diversos talleres y una fábrica.
La construcción de la carretera provincial al inicio del siglo XX, que cruzó por dentro el pueblo, provocó una sensible transformación del centro de L’Estany y dejó una huella significativa en el paisaje del pueblo, consistente en las plantaciones alineadas de plátanos que la flanquean todavía hoy.
